如果发生在武装冲突时――国际性的或非国际性的――诸如下列通常被认为是恐怖主义的行为是被国际人道法明确禁止的：攻击平民、不分皂白的攻击，以及劫持人质。同样地，如果打击恐怖主义的行动采取了武装冲突的形式，它也要受到国际人道法的规范：就敌对行动而言也就为被俘人员提供的保护而言。

国际人道法的适用不构成打击恐怖主义的障碍。事实上，恐怖分子嫌疑人可因恐怖行为而被起诉。但是，即使被怀疑有恐怖行为的武装部队成员或者“不合法战斗员”也受到《日内瓦公约》的保护，并且如果受到审讯，他们也享有司法保障。