Nacido en Neuchâtel, Suiza, el 14 de mayo de 1904, Marcel es el quinto de los seis hijos del pastor Richard Junod y de su esposa, Jeanne. Cuando era adolescente, su padre muere y su madre decide trasladarse con toda la familia a Ginebra, su ciudad natal. Gracias al apoyo financiero de un pariente, Marcel Junod hace realidad su ambición de ser médico y se especializa en cirugía. En 1935, el CICR le solicita efectuar una corta misión en Etiopía, donde las fuerzas italianas intervenían contra el emperador Halié Sélassié.